シャロ、ネロ、エリー、コーデリアの4人は、トイズと抜群のチームワークで数多くの事件を解決してきた「ホームズ探偵学院」の人気者。

彼女たち「ミルキィホームズ」は学生だけでなく偵都ヨコハマの市民たちからも憧れの的だった。

だが、ある嵐の夜、宿敵「怪盗帝国」とのバトルの最中に「ミルキィホームズ」の4人はそれぞれのトイズを失い、その運命は激変してしまう…。

TVシリーズ第1期終了の後、第2幕スタートに先駆けて、特別番組が登場。

番外編らしく、G4のメンバー「明智小衣」が主役の「夏の特別編」は、なんと小衣がアイドルに?

せっかくトイズが戻ってきたのもつかの間、またまたトイズを失ってしまったミルキィホームズの4人。

好敵手の復活を強く望むアルセーヌ(=アンリエット)は、ミルキィホームズがトイズを取り戻すようにと、陰になり日向になり4人をサポートするが、トイズが復活する気配は全くない。

それどころか、4人は貧乏生活にすっかり慣れ、ダメダメ街道まっしぐら。遂にはトイズだけでなく、学院生活に一番大事なものもすっかり忘れてしまい…。

これまで制作されたTVシリーズの世界観からいったん離れ、PSPソフト「探偵オペラ ミルキィホームズ」の世界の後日譚として、ミルキィホームズがトイズを失わなかった世界を描くスピンオフストーリー。

偵都ヨコハマに世の中を揺るがす『怪盗帝国』とそれを正す少女探偵団『ミルキィホームズ』が現れてから2年。

ヨコハマの街にはつかの間の平穏が訪れていた。その街に住む常盤カズミと明神川アリスは幼馴染同士の12歳。

違う探偵学院に通いつつも帰り道で落ち合うなど、毎日仲良く探偵になるための勉学に励んでいた。

そんなある日、街で逃げ去る怪盗を見かけた2人。追いかけた先で彼女たちが見たものは......?

偵都ヨコハマではアイドルたちの歌が奪われるという事件が頻発していた。その災厄はスーパーアイドル・天城茉莉音(あまぎまりね)の身にも降りかかり、彼女の大ヒット曲「奇跡の歌」もまた奪われてしまう。

そこで立ち上がったのがミルキィホームズ。茉莉音から奇跡の歌の奪還を依頼された4人は 、茉莉音のため、事件解決のために芸能界を奔走する！

一体誰が、何のために、アイドルから歌を奪ったのか？！そして、奪われた歌を取り戻す方法とは？！ミルキィホームズの新たなる戦いが、いま始まる！！

研修旅行に来ていたミルキィホームズの4人。猿たちに囲まれ温泉につかり、のんびりしているところに警報が鳴り響く!怪盗帝国の4人が宝を狙ってやってきたのだ。

ミルキィホームズ VS 怪盗帝国、双方トイズをフルに使っての激しいバトルが繰り広げられる！

さらにGentius4の面々も駆けつけ、三つ巴の激闘に発展！だが、その大激闘の最中に、上空から激しい雷が！！

被雷したミルキィホームズの4人はまたしてもトイズを失ってしまい…。